L’edificio sede del museo fu realizzato recuperando la vecchia struttura di un mattatoio, da decenni abbandonata e infelicemente collocata al centro del ricco comprensorio storico-archeologico  romano e medievale (fig. 1a-b). La scelta del mattatoio, dimesso dopo l’approvazione della Legge Galasso, scaturì dalla posizione e dai vantaggi connaturati al recupero di un manufatto già esistente. I lavori durarono circa un anno e mezzo. Connessi alla gestione del museo sono anche il tratto basolato dell’antica Via Latina e la monumentale chiesa di Santa Maria della Libera, con il contiguo arco onorario romano, tutti collocati a ridosso dell’area museale.
Perciò la posizione del museo, perfettamente centrale ed integrata alle realtà archeologiche circostanti, permette di associare alla visita dello stesso, un itinerario esterno verso i monumenti della città romana, di quella medievale e il paese moderno. Attraverso questo percorso è possibile seguire tutte le fasi dell’evoluzione storica e topografica dell’abitato di Aquino, il lento e contingente spostamento degli abitanti dalla città romana al ristretto sito altomedievale e medievale, a quello del castello dei conti aquinati fino all’attuale centro urbano.